کریم باقری در سال 1382 به پرسپولیس بازگشت و در دوره دوم بازی برای سرخپوشان باوجود پیشنهادات متعدد از تیم های مختلف، در پرسپولیس ماند و پس از 8 سال، زمانی که علی دایی تمایلی نسبت به حضور او نشان داد، از فوتبال خداحافظی کرد.
اما سه سال بعد کریم باقری به پرسپولیس بازگشت تا دستیار علی دایی شود. او یک سال در جمع سرخپوشان حضور داشت و پس از یک وقفه کوتاه این بار به عنوان دستیار ایرانی برانکو به نیمکت اضافه شد و حالا از سال 1394 تا هم‌اکنون مربی پرسپولیس بوده است.
حضور باقری در کنار چهار مربی مختلف سبب شده تا حتی نظر معاون اجرایی باشگاه پرسپولیس نیز به او جلب شود و بگوید که ما تلاش می‌کنیم تا یکی مثل کریم باقری را در کادرفنی خود داشته باشیم؛ کسی که باوجود تغییر سرمربی و مدیر، همچنان در تیم حضور دارد.
این که راز بقای بی حاشیه کریم باقری در تیمی نظیر پرسپولیس چه بوده، مسئله مهمی است که می‌توان به آن پرداخت. در این مدت او پیشنهاد مربیگری در تیم ملی و همچنین سرمربیگری در پرسپولیس با حضور دستیار خارجی را رد کرد تا نشان دهد به جایگاهی که دارد، قانع است و ترجیح می‌دهد و در همان جا بماند. اما فارغ از سوال بالا، می‌توان او را نماد پرسپولیس در دوره تازه این تیم قلمداد کرد؛ نمادی که شاید هواداران پرسپولیس انتظار داشته باشند که مدیران و سرمربیان برای حفظ آن تلاش کنند.
در تمام این سال ها (از ابتدای دهه 1380) اگرچه چهره های محبوبی چون علی کریمی، علی دایی، مهدی مهدوی کیا و... پیراهن پرسپولیس را برتن کرده و افرادی چون افشین قطبی، برانکو ایوانکوویچ و... روی نیمکت سرخپوشان به موفقیت رسیده‌اند اما هیچ کدام به اندازه باقری عضو تیم پرسپولیس نبوده‌اند و همین موضوع چهره ای ویژه از او ساخته است.